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Il catalogo della Biblioteca è allestito, a partire dal 2000, secondo gli standard nazionali ed internazionali: le RICA – ma a partire dal 2010 si adotteranno le nuove REICATV, l’International Standard Bibliographic Description (ISBD), il Soggettario della Biblioteca Nazionale Centrale di Firenze, la CDD (Classificazione Decimale Dewey, nella 21a edizione) e la Colon Classification (nella 6a edizione). Fino al 1990 il catalogo è cartaceo a schede; a partire da quella data è stato avviato il catalogo in linea, consultabile nella rete interna del Museo e direttamente su Web, con aggiornamento su base settimanale. Il catalogo in linea della Biblioteca del Museo viene raggiunto da studiosi di tutta Italia tramite il MetaOPAC MAI.
Tutti i supporti documentari disponibili nelle forme non librarie sono egualmente inseriti nel catalogo, che comprende quindi anche audiocassette, videocassette e CD-Rom nonché la ricca raccolta di carte geografiche e geologiche.
A partire dal 2000, sono stati avviati diversi progetti per rendere accessibile il patrimonio documentario del Museo Friulano di Storia Naturale: nel 2001 sono stati pubblicati gli indici dei primi venti volumi di Gortania (Indici degli atti 1979-1998) e nel 2005 si è concluso un progetto di catalogazione dei periodici, con la stampa del volume Catalogo dei periodici della biblioteca specializzata del Museo Friulano di Storia Naturale.
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