I lavori scientifici prodotti dal Museo e dai suoi collaboratori vengono pubblicati dal 1979 nel periodico scientifico Gortania - Atti del Museo Friulano di Storia Naturale, rivista periodica annuale (aut. Tribunale di Udine n. 449 del 24.05.1979) che raccoglie lavori a carattere geopaleontologico, paletnologico, floristico e faunistico riguardanti prevalentemente il Friuli Venezia Giulia ed in particolare i risultati dell'attività di studio e di ricerca dell'Istituzione.
A partire dal volume n. 31 (relativo al 2009) il periodico Gortania è stato suddiviso in due serie a periodicità annuale, dedicate rispettivamente alle discipline abiologiche (Gortania. Geologia, Paleontologia, Paletnologia) e biologiche (Gortania. Botanica, Zoologia).
La rivista, che è peer-reviewed, è aperta a tutti i cultori di discipline naturalistiche e ospita lavori originali e inediti riguardanti prevalentemente l’area geografica corrispondente alle Alpi sud-orientali e loro avanterra.
La disponibilità indicata è relativa sia ai volumi che agli estratti, questi ultimi possono essere liberamente richiesti per posta o per fax.
Nella sua fase iniziale, la collana raccoglie gli estratti di articoli di interesse friulano pubblicato dagli studiosi di storia naturale che, a vario titolo, collaborano con il Museo Friulano di Storia Naturale.
Successivamente, la serie si occupa anche della pubblicazione di atti di convegni, che il Museo Friulano di Storia Naturale ha promosso direttamente o in collaborazione con altre istituzioni.
La funzione della collana è quindi quella di rendere più facilmente reperibili gli articoli di interesse locale, attraverso la loro diffusione agli studiosi eventualmente interessati. La collana ha raccolto provvisoriamente anche i primi volumi della serie Quaderni Habitat ma, a seguito del successo di questa serie e dell’ampliamento del piano editoriale iniziale, i quaderni hanno poi assunto fisionomia di collana autonoma.
L’idea della collana si deve a Giovanni Fornaciari, che la inaugurò con la pubblicazione corrispondente al n. 6, ma l’attuale sequenza e numerazione è stata attribuita in un periodo successivo.

La collana prende avvio come raccolta degli estratti dei lavori pubblicati dall’allora direttore, Giovanni Fornaciari, e dai vari collaboratori del Museo sul Bollettino della Biblioteca e dei Musei Civici e delle Biennali d’Arte antica, la rivista dei musei udinesi, o su altre riviste scientifiche. La numerazione della collana inizia formalmente con la pubblicazione n. 3, che per prima riporta l’indicazione sul frontespizio, mentre per i numeri precedenti l’indicazione è apposta a timbro sulla copertina.
Nel 1979 l’avvio di Gortania, e nel 1981, la pubblicazione del Supplemento alla “Flora friulana con speciale riguardo alla Carnia” di Michele Gortani aprono un nuovo corso della collana, che inizia a ospitare vere e proprie monografie dedicate alle scienze naturali ma anche i cataloghi delle collezioni naturalistiche conservate presso il Museo Friulano di Storia Naturale.

La collana raccoglie i cataloghi delle mostre che, realizzate nella sede del Museo o in altre sedi cittadine, documentano l’attività didattica ed espositiva del Museo nel corso degli anni.
Oltre ai cataloghi delle mostre, prodotti sia con taglio scientifico che in veste divulgativa, la collana contiene anche le tre guide alle sale espositive permanenti del Museo Friulano di Storia Naturale allestite nella sede storica di Via Grazzano, ora destinata al Museo Etnografico del Friuli.
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