La Sezione Botanica svolge le attività proprie di un Museo di Storia Naturale (conservazione, ricerca e didattica) con particolare attenzione agli aspetti botanici.
Per ragioni storiche viene posta particolare attenzione alle specie vascolari, che quindi vengono ad essere maggiormente rappresentate nelle collezioni botaniche del Museo. Naturalmente non mancano reperti di altri gruppi, quali muschi, licheni e funghi.
Il numero di reperti viene incrementato ogni anno grazie a numerose acquisizioni, ricerche sul territorio e donazioni. Il materiale raccolto viene successivamente studiato, preparato e collocato a fini conservativi.
La Sezione è punto di riferimento per molti studiosi professionisti, ma anche volontari che operano nel territorio regionale.
Le prospettive attuali, nonostante la momentanea mancanza di una sede idonea, sono molteplici e sostanzialmente mirano a promuovere la Sezione Botanica del Museo a vero e proprio osservatorio floristico regionale in collaborazione con le Università di Trieste ed Udine.
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