Le ricerche geologiche e paleontologiche sul territorio friulano iniziarono nella seconda metà dell’Ottocento grazie all’opera di Giulio Andrea Pirona che, tra l’altro, può essere considerato il fondatore del Museo o, quantomeno, il primo e più appassionato sostenitore della necessità di raccogliere in un museo anche le testimonianze naturalistiche caratteristiche della regione.
Subito si comprese l’importanza di questa piccola regione italiana e, fino agli anni Trenta del XX secolo il Friuli fu percorso e studiato da alcuni dei maggiori geologi italiani, tra cui Michele Gortani che, raccogliendo l’eredità culturale di Pirona, si adoperò affinché il Museo divenisse, finalmente, una realtà.
Il secondo dopoguerra segnò un rallentamento nelle ricerche geologiche e paleontologiche in Friuli; con la riapertura del Museo dopo il terremoto del 1976, è iniziata una nuova fase di ricerche sul territorio grazie proprio all’azione dell'Istituzione udinese che ha portato alla scoperta di nuovi giacimenti e alla valorizzazione di quelli che già erano conosciuti, nell’intento di acquisire quella conoscenza del territorio che è necessaria per poter procedere alla sua tutela e valorizzazione.
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