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Le ricerche stratigrafiche della sezione Paletnologica-Antropologica iniziarono ufficialmente nel 1983, in occasione dello scavo del deposito pluristratificato del Riparo di Biarzo, organizzato dal Museo Friulano di Storia Naturale in collaborazione con l'allora Dipartimento di Scienze Geologiche e Paleontologiche dell’Università degli Studi di Ferrara.
In seguito, il Museo si indirizzò verso l'indagine di depositi archeologici più recenti, come quelli di Sammardenchia e Piancada, che testimoniano la presenza sul territorio friulano dei primi agricoltori. Tali ricerche sono state condotte grazie al supporto delle rispettive amministrazioni comunali e alla collaborazione del Museo Tridentino di Scienze Naturali, del Dipartimento di Filosofia, Storia e Beni Culturali dell'Università degli Studi di Trento, del Dipartimento di Scienze Archeologiche dell'Università degli Studi di Pisa e del Museo Nazionale Preistorico Etnografico "L. Pigorini" di Roma.
Negli ultimi anni, la collaborazione con la Soprintendenza per i Beni Archeologici del Friuli Venezia Giulia ha condotto alla realizzazione di alcune campagne di scavo presso Passo Pramollo e alle ricerche di superficie, ancora in corso, nel territorio della Carnia.
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