Nonostante le vicissitudini subite nel tempo dall’Istituzione, alcuni reperti storici si sono potuti conservare e si possono far risalire principalmente a Giulio Andrea Pirona (1822-1895) e in piccola parte a Michele Gortani (1883-1966).
Recentemente è stata acquisita la raccolta Ambrosini (Porto Recanati, MC) della seconda metà del Novecento, che comprende circa 30.000 esemplari tra molluschi terrestri e marini del Mediterraneo.
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