Da alcuni anni il Museo organizza ricerche naturalistiche pluriennali sul territorio, anche in collaborazione con altri Enti, che in questi ultimi anni hanno interessato nello specifico i seguenti ambiti di studio:
I dati ottenuti dalle ricerche rappresentano un elemento di notevole importanza sia in ambito tassonomico, sia per la predisposizione a livello regionale di atlanti distributivi, fondamentali anche per eventuali studi ambientali. L’importanza di questa attività di ricerca appare fondamentale per la Regione Friuli Venezia Giulia, che per la sua favorevole posizione geografica risulta essere la regione italiana a più elevata diversità specifica.
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